یکی از ویژگی‌های برجسته Helldivers اصلی، ماموریت‌های چالش‌برانگیز آن بود، و Helldivers 2 با محیط‌هایی که به صورت پویاتر تولید می‌شوند، بر این اساس استوار است. هر ماموریت مجموعه‌ای منحصر به فرد از موانع و اهداف را ارائه می‌کند که بازیکنان را سرپا نگه می‌دارد و آنها را مجبور می‌کند تا استراتژی‌های خود را در پرواز تطبیق دهند. چه در حال نفوذ به کندوی آلوده به حشرات باشید و چه از یک دژ انسانی در برابر هجوم بی امان دفاع کنید، هر ماموریتی یک تجربه هیجان انگیز و آدرنالین است.