داستان ناروتو در دنیایی تخیلی اتفاق می‌افتد که در آن دهکده‌های نینجا وجود دارند که هر کدام آداب، سنت‌ها و سلسله مراتب منحصربه‌فرد خود را دارند. داستان حول محور ناروتو، یک یتیم شیطون و پرانرژی می‌چرخد که به دلیل وجود روحی قدرتمند و بدخواه که در درونش مهر و موم شده است، بسیاری از او دوری می‌کنند. ناروتو که مصمم است خود را ثابت کند، در آکادمی نینجا ثبت نام می کند و به تیم 7 می پیوندد، جایی که او در کنار هم تیمی هایش ساسوکه اوچیها و ساکورا هارونو، تحت هدایت سنسی آنها، کاکاشی هاتاکه، ماموریت های مختلفی را آغاز می کند.